Se constituyó en 1864 en la iglesia del Carmen por un grupo de devotos del Cristo de la Misericordia, un documento hallado en el interior de la túnica del Cristo atestigua que la veneración de la imagen es anterior a 1733. Un año después realizó su primera salida procesional haciendo Estación de Penitencia en la Catedral. En 1918 se reorganizó y en 1926 se unió a la Virgen del Gran Poder. En los sucesos del 1931 perdió su patrimonio y es en 1944 cuando hay una nueva imagen de Nuestro .Padre Jesús de la 
Misericordia. Desde 1983 tiene su Casa-Hermandad junto a la Iglesia del Carmen. Esta cofradía esta muy vinculada con el ejercito del aire y la aviación.
Iglesia de Nuestra Señora del Carmen. Fue la iglesia del Convento de los Padres Carmelitas Descalzos de Málaga, fundado en 1584. Posteriormente en 1680 como consecuencia de un terremoto quedó destruida, siendo reconstruida totalmente a finales del siglo XVII. Con la desamortización pasó a ser propiedad del ayuntamiento, que lo conservó y en 1856 se instaló la sede Parroquial de San Pedro. Con la guerra civil es usada como almacén, siendo restaurada con posteridad y erigida en 1942. Destaca la capilla de la Misericordia, con yeserías del siglo XVIII y la decoración pictórica con las representaciones de santos carmelitas del siglo XVIII. En el exterior, la fachada principal es de estilo manierista.
Cruz Guía, faroles, mazas y bocinas: Talleres hermanos Angulo (1966), restaurada por Cristóbal Martos. Libro de Reglas: obra de Joaquín Salcedo (2000). Báculos: Talleres Hijos de Juan Fernández (1992). Guión Corporativo: bordado por las MM. Filipenses (1964) con orfebrería de los Talleres Villarreal (1962) según diseño de Juan Casielles. Estandarte: Con pintura de Leonardo Fernández, bordado porJuan Rosén y diseño de Salvador de los Reyes, con orfebrería de Cristóbal Martos (1998). Estandarte de San Juan de Dios: Pintura de Antonio Sardina y bordado de Joaquín Salcedo (2003) Ciriales: Santos Campanario (1988). Estandartes 'Los Siete Dolores de María': pinturas de Leonardo Fernández y bordados de Joaquín Salcedo (2003). Es la única cofradía de Málaga que procesiona un grupo de estandartes como estos. Estandarte: óleo de Leonardo Fernández, bordados en plata de Juan Rosén, orfebrería de Cristóbal Martos y diseño de Salvador de los Reyes.
