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Los orígenes de esta Hermandad se remontan al siglo XVII, siendo los primeros datos documentales de 1772 apuntándola como filial de la Hermandad de la Puente del Cedrón. En 1911, con la reorganización de la Hermandad, el antiguo Cristo del convento del Císter vuelve a procesionar. En 1921 Pollinica es una de las Cofradías que cofunda la Agrupación de Cofradía de Semana Santa legalizando los estatutos de la Cofradía en 1922. En 1943, después del período de la república y la guerra civil, se bendice la actual imagen del Señor, obra de Martínez Cerrillo, sustituyendo a la imagen de Martín Simón que se procesionaba desde la década de los años 30. En 1947 se bendice la imagen de María Stma del Amparo, de Castillo Ariza, En 1981 después de muchas tensiones realizó la primera salida matinal. Del 2001 al 2005 la Hermandad estuvo saliendo desde la Catedral. En 2006 realiza su primera salida desde la casa-hermandad en calle Parras.

El trono del Cristo es de madera tallada y dorada realizado por Castillo Ariza y Francisco Díez (1945). El trono de la Virgen es de alpaza plateada realizándolo Díaz Roncero (1967), los arbotantes son de Martos (1994), el palio está bordado en oro sobre malla por Juán Rosén (2000-2002) y el manto es de las Madres Filipenses del Convento de San Carlos.

Es la cofradía que abre la Semana Santa siendo la Cofradía de los niños por excelencia, en la procesión llevan palmas y van vestidos de hebreos. La Virgen del Amparo lleva una rosa amarilla en su mano. Esta Cofradía organiza anualmente un torneo de baloncesto con equipos de prestigio, siendo el Unicaja de baloncesto Hermano Mayor Honorario de la Hermandad.

En la Sección del Cristo, túnicas de lanilla color crema y capirotes morados; en la Virgen, túnicas de lanilla color crema y capirota verde; los cargos de la procesión llevan capas de damasco morada o verde (dependiendo de la sección).