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No existen datos exactos sobre la fecha de fundación de esta hermandad, aunque se sabe que tuvo mucho que ver fray Juan Navarro, fundador del convento de San Francisco. Los primeros estatutos se perdieron en el saqueo inglés de 1596. En sus primeros desfiles salía a la calle hasta con cinco pasos. El XVIII fue su siglo de mayor esplendor.

Iglesia de San Francisco (Plaza de San Francisco). Obra de José Francisco Badaraco. De planta rectangular es de una sola nave, si bien la incorporación de capillas le dan un falso aspecto de templo de tres naves. La cubierta es de bóveda de medio cañón con lunetos y arcos fajones. Todas las bóvedas presentan decoración de yesería. El retablo mayor fue realizado en 1763 por Gonzalo Pomar y presenta una decoración a base de rocallas. Junto al templo se encuentra el convento (1566), con un claustro manierista de planta rectangular con columnas dóricas en su primer cuerpo y jónicas en la galería superior.

La Cruz de Guía es la más antigua de cuantas procesionan en la Semana Santa de Cádiz.